Kei Kusanagi est un lycéen atteint d’une maladie assez rare qui le plonge parfois dans un coma qui peut malheureusement durer plusieurs années comme on l’apprendra au fur et à mesure de la série. Il est bien plus âgé que ce qu’il semble et se sent ainsi parfois en décalage par rapport à ses camarades de classe. Il vit chez sa tante et son oncle médecin. Un soir il voit apparaître au dessus d’un lac un vaisseau spatial d’où descend une belle extraterrestre… S’évanouissant alors, il n’en garde pas souvenir le lendemain, jour de la rentrée des classes jusqu’à ce qu’il voit son nouveau professeur, Mizuho Kazami qui n’est d’autre que l’extraterrestre de la veille. Elle lui demande alors de garder son secret...